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第二节 扶植社团 百家争鸣
在蔡元培的倡导下，当时北大学生的课外生活是相当丰富多采的；除了上述为数众多的学术性团体外，在师生中还出现了许多具有鲜明政治倾向的社团组织。
蔡元培积极提倡大学生应当有新的“世界观与人生观”，要革除科举时代的观念，要“发扬学生自动之精神，而引起其服务社会之习惯。”他曾指出：“大凡研究学理的结果，必要影响于人生。倘没有养成博爱人类的心情，服务社会的习惯，不但印证的材料不完全，就是研究的结果也是虚无。所以本校提倡消费公社，平民讲演，校役夜班，与新潮杂志等，这些都是本校最注重的事項”。蔡元培正是从提高学生研究学术的兴趣、培养学生服务社会的精神出发，本思想自由的原则，对这些社团都给予了直接或间接的支持。当时学校设有学生事业委员会，作为对学生事业的指导机构。其组织大纲规定：“凡大学学生兴办事业，须于未成立前，将其宗旨、办法及职员姓名，函经本委员会审议，转呈校长察核备案。其已兴办之事业，本委员会得依其职权调查或整理之”。1922年3月设立的学生事业委员会，由李大钊任委员长。
随着新文化运动的发展，在五四前夕，校内的和以北大师生为主的革新社团和进步刊物已相继出现。当时在校内和社会上发生过重大影响的，主要有国民社、新潮社、平民教育讲演团等社团组织。
1918年5月北京学生反对中日军事密约的爱国政治斗争，虽然没有取得直接的结果，但这次斗争促使学生们组织了起来。北大等校学生首先组织了学生爱国会，随后又联络天津、上海、湖南等地学生，联合组成了学生救国会。这个团体在团结全国学生方面发挥了积极作用，并因此受到反动政府的干渉。
救国会为了加强联系和扩大宣传，决定成立国民社，出版《国民》杂志。国民社成员不限于北大师生，但北大学生很多，其中如邓中夏、高尚德、黄日葵、许德珩、张国焘、易克嶷、黄建中、廖书仓、朱一鹗、谢绍敏、李芳、陈宝锷、陈钟凡、周炳琳等在其中都起了骨干作用，并参加了编辑委员会工作。李大钊对国民社给予了热情的帮助和指导，据许德珩回忆说：“李大钊是《国民》杂志的总顾问，我们有事都和他商量”。国民社拥有的群众较广泛，社员曾达到一百八十多人，成员中既有一些具有初步共产主义思想的知识分子，也有许多无政府主义者，后来成为反动政客的段锡期，这时出担任过国民社的评议部部长》国民社于1918年10月20日正式成立。《国民》杂志于1919年1月1日出版。
国民社的成立得到了察元培的支持和帮助。他曾出席国民社的成立大会，并为《国民》杂志创刊号写了序言。他在序文中对杂志提出了三点希望：“一曰正确”，“二曰纯洁”，“三曰博大”。他指出，同学出于爱国之心而筹办刊物，但须知“爱国不可不有热城；而救国之计画，则必持以冷静之头脑，必灼见于事实之不诬而始下判断，则正确之谓也。”“救国者，艰苦之业也。”他列举历史上艰苦创业的事迹，勉励《国民》杂志保持正确的方向和纯洁的内容。他说：“墨翟生勤而死薄，勾践卧薪而尝胆，范仲淹先天下之忧而忧，后天下之乐而乐。断未有溺情于耳目之娱，侈靡之习，而可以言救国者。近来我国杂志，往往一部分为痛哭流涕长太息之治安策，而一部分则杂以侧艳之诗文，恋爱之小说，是一方面欲增进国民之人格，而一方面则转以陷溺之也。愿国民杂志慎勿以无聊之词章充篇幅”。他还勉励杂志要有博大的胸杯，“勿提倡极端利己的国家主义”。最后他说：“国民杂志之酝酿，已历半年，卒底于成，不能不佩社员之毅力。自此以前，尚为一鼓作气之时期。若前数期出版以后，渐渐弛其责无旁贷之决心，则此后之困难，正不弱于酝酿时期。愿社员永永保此朝气，进行不怠，则于诸君唤醒国民之初心始为无负也。”
国民社在其成立启事中说：“本杂志由学界同志组织而成，抱定左列四大宗旨：（一）增进国民人格；（二）研究学木；（三）灌输国民常识；（四）提倡国货。”还约请李大钊为指导，邵飘萍、徐悲鸿为顾问。《国民》杂志表现了它积极关心政治，具有明显的反帝爱国的色彩。如邓中夏以“大壑”为笔名，每期都为刊物撰述“国内外大事”，并经常发表评论时事的文章。李大钊的重要文章《大亚细亚主义与新亚细亚主义》，就发表在《国民》第一卷第二号上。虽然在五四以前，《国民》还是用文言文发表文章，使它的战斗力有所减弱；但它对帝国主义，特别是对当时中国最凶恶的故人日本帝国主义的猛烈攻击，明确提出取消“二十一条”和归还台湾、废除“中日共同防敌军事协定”等要求，对五四运动的兴起起了重要的宣传作用。它的许多成员，在五四运动中起到了中坚作用；而其中的一些人则成为中国共产党的早期党员。
国民社成立后不久，1918年12月3日，北大文科的一部分学生，成立了新潮社。第二年一月出版了《新潮》杂志。
新潮社同样得到蔡元培的热情支持。新潮社酝酿的时间较长，早在1917年秋天，新潮社发起人傅斯年、顾颉刚、徐彦之，及后来加入的罗家伦、潘家洵等，常在一起闲谈。“他们谈到北京大学的前途时，感觉到自蔡校长主持北大后，学校已成为名副其实的学府，循此前进，不难成为中国一切新思想、新学术的策源地。做学生的应该办几种杂志，竭力尽力，来宣扬学校的新精神，鼓动学者研究学术的兴趣，这对于自己的前途也有好处。”但是，当时办刊物的最大难题是缺乏经费。直至翌年秋天，他们才把酝酿中的计划付诸实行，正式向文科学长陈独秀要求学校帮助解决经费问题，陈表示：“只要你们有创办的决心和长久支持的志愿，经济方面可以由学校负担！”后经蔡元培同意，由学校从每月颇为拮据的经费中拨出两千元，为刊物垫付印刷费，发行也由学校出版部兼办。顾颉刚在《回忆新潮社》一文中说：“李大钊曾给过新潮社很多帮助和指导。他虽不公开出面，但经常和社员们联系，并为《新潮》写稿”。李大钊还将红楼图书馆一层二十二号房间拨给新潮社作社址。蔡元培还亲自为《新潮》题写了刊名。新潮社按其组织章程规定本校同学投稿三次经本志登载者，得由本社约为社员；“非本校同学投稿三次经本志登载者，有社员二人以上之介绍，得由本社约为社员。”社员大多数是北大学生，也有少数教员和校外人士。主要骨干有傅斯年（主任编辑）、罗家伦（编辑）、徐彦之（主任干事）、毛子水、杨振声、李小峰、康白情等。社员有何思源、谭鸣谦（平山）、俞平伯、顾颉刚、潘家洵、张崧年、郭绍虞、叶圣陶、孙伏园等。刚成立时只有社员二十七人，到1919年底为三十七人；以后陆续加入的，也只有朱自清、冯友兰、孙福熙、周作人等几个人。社员人数很少。
1919年1月，《新潮》与《国民》同时创刊。新潮社宣布：“专以介绍西洋近代思潮，批评中国现代学术上、社会上各问题为职司，不取庸言，不为无主义之文辞。”确定刊物应具备的要素为：（一）批评的精神；（二）科学的主义；（三）革新的文词。它一开始就以“文艺复兴”相标榜，主张“去遗传的科举思想，进于现世的科学思想；去主观的武断思想，进于客观的怀疑思想。”它与《新青年》相呼应，反对吃人的封建礼教，提倡个性解放和妇女解放，鼓吹文学革命和“伦理革命”。《新潮》发表的文章和文艺作品，以白话新体为主，使用新式标点。
《新潮》在新文化运动中曾产生过广泛的影响。它的第一卷第一期发行不到一个月，就接连三版，达一万多份；以后各期也多在一万五千份左右，这在当时已是一个惊人的数目了。新潮社除出版《新潮》杂志外，还发行一套定名为《新潮丛书》的文艺丛书。1920年，新潮社还编辑出版了一部《蔡孑民先生言行录》。
《新潮》反封建文化思想的宣传，曾招致旧势力的忌恨。一个安福系国会议员曾向教育部指控《新青年》、《新潮》等杂志，陈说“此等出版物实为纲常名教之罪人”，竟要教育部将其取缔制裁。1919年4月，教育总长傅增湘曾致书蔡元培，指责《新潮》持论逾于学术范围之外，称《新潮》出版，辇下耆宿对于在事员生不无微词；要求遵行軌道，发为言论，“若其以仓卒之议翘于群众，义有未安，辄以滋病，殆有未可。”反对革新进步，畏惧新思想流行。蔡元培当即作书回答，他针对所谓张新说而悖旧谊的指责，用兼容并包的宗旨巧妙地指出：“敝校一部分学生所组之《新潮》出版以后，又有《国故》之发行，新旧共张，无所缺琦。在学生则随其好尚，各尊所闻。当事之员，亦甚愿百虑殊途，不拘一格以容纳之。局外人每于大学内情有误会之处，然若持《新潮》、《国故》两相比拟，则知大学中笃念往昔，为匡掖废坠之计者，实亦不弱于外间耆贤也。”同时针对所谓喜为抨击的指责，说：“至于持论，间有殊于旧贯者，容为外间误会之所集。然苟能守学理范围内之研究，为细密平心之讨论，不涉意气之论，少为逆俗之言，当亦有益而无弊”。为《新潮》作了辩护，保护了这个刊物。
《新潮》在新文化运动中赢得了很高的声誉，但这个社团受胡适的影响很深，一开始就表现了政治上的改良主义和文化思想上盲目崇拜西方的倾向。他们对政治斗争始终持冷漠态度；对民族文化持虚无主义态度，竟称“极端的崇外，却未尝不可”。对于新潮社脱离政治的错误，鲁迅曾提出过严肃的批评。五四以后，新潮社中的绝大多数成员，都迅速地向右转了。他们当中的一些人，如傅斯年、罗家伦等，则咒骂学生运动，醉心出洋留学，追求个人升官，与当时的进步运动分道扬镳。
国民社和新潮社是当时青年学生中有代表性的两大社团，也都颇有影响。《国民》是以反对日本帝国主义的宣传为主要内容，具有较鲜明的反帝爱国的色彩，《新潮》则以倡言“文学革命”和“伦理革命”而出名，在反对封建文化思想斗争中起了重要作用。但是，随着新文化运动的深入发展，《国民》在李大钊的推动下积极参加关于改造社会的讨论，并开始进行某些社会主义宣传；而《新潮》则在胡适的影响下成了宣传实用主义的阵地。与此同时，这两个刊物的主要成员，也向着不同的两极迅速分化。这反映了五四时期思想战线上的激烈斗争，反映了中国知识分子不同的发展道路。
1919年3月，由邓康（即邓中夏）、廖书仓、黄日葵、许德珩、张国焘（哲学系学生）等发起成立了平民教育讲演团。先是一些热心平民教育的同学在校役夜班讲解时事，取得很好效果，于是酝酿扩大到社会上去。1919年3月7日，邓中夏等十四位发起人在《北京大学日刊》上刊登了征集团员的启事。从这个启事中，可以明显看到它是受到蔡元培的平民教育思想的影响。启事如下：
盖闻教育之大别有二：一曰以人就学之教育，学校教育是也；一曰以学就人之教育，露天演讲、刊发出版物是也。共和国家以平民教育为基础。平民教育，普及教育也，平发教育也。学校教育惟饶于资财者之子弟始得享受，而寒醆之子弟及边于生计而中途失学者不与焉，未足语于平民教育。苟之术以补敕之，则人民智识必大相悬殊，社会上不平之景象必层见迭出，共和国体必根本动摇。补助之术维何？厥曰露天演讲、刊布出版物，亦即所以补助学校教育之所不及者也。顾以吾国平民识字者少，能阅印刷品出版物者只恨于少数人，欲期教育之普及与平等，自非从事演讲不为功。北京大学固以平民主义之大学为标语者也。平民主义之大学，注重平民主义之实施，故平民教育尚焉。同人等发起兹团，所以达此者也。同学中热心平民教育者，愿兴起共襄斯举。
3月23日，在马神庙第二院校长室召开了平民教育讲演团成立大会。讲演团的宗旨是“增进平民知识，唤起平民自觉心”。开始时有团员三十九人，多是国民社和新潮社的成员，邓中夏、廖书仓被推举为总干事，黄日葵、高尚德、许德珩、朱自清、杨钟健等都是这个团的成员。据许德珩回忆，“毛泽东也参加了这个组织”。讲演团设在马神庙东口，除讲演外，还设书报阅览室，供人阅览。经费除团员交纳的团费外，还通过募捐的办法筹集，其募捐启事常有“诸君子所费无几，于一般劳苦的兄弟姐妹们受惠实大”这样颇富感染力的话。讲演团规定每学期至少讲演二次以上，否则即为脱离关系；并要求轮值时，“除婚丧疾病外，不得推倭”。
蔡元培是积极提倡普及社会教育的，因而他对平民教育讲演团十分重视，把它作为养成学生服务社会精神的重要途径。他曾说：“平民讲演，用讲演的形式与平民以知识，也是一件好事。”又说：平民讲演，“由学生传之各地方，一定可以提起国民自治的精神。”
讲演团多利用假日，到闹市或郊区去讲演。他们曾深入到海淀、长辛店、丰台、卢沟桥、通县等地区，向工农宣传爱国主义思想和文化科学知识。他们常利用庙会、集市、游艺场等，打着小旗，敲着小锣，招引群众。开始，由于学生腔大家听不懂，群众不欢迎；后来注意学习群众语言，讲题紧密结合时事，如《青岛交涉失败史》、《日本的野心和中国救亡的法子》等，群众十分爱听。有一次东便门蟠桃宫举行三天庙会，讲演团连续在这里讲了三天。邓中夏也去讲了两次，题目是：《家庭制度》和《现在的皇帝倒霉了》。北大日刊曾载文报道了当时的情景：“是时黄沙满天，不堪张目，而其听讲者之踊跃，实出乎意料之外。”据统计，从1921年11月5日至1922年3月27日，除去假期约三个月时间，共讲演了一百零二个讲题。其中有关民主政治的20题（如《法律是保护人民的》、《民国与国民》、《洋车夫与大总统的比较》等），有关科学知识的21题（如《肺痨病》、《刮风的原因》、《铁路的起源和变迁》等），其他还有时事、生活、修养和历史故事等。从这里可以看到他们从事平民讲演的可贵的热情和精神。平民教育讲演团的实践活动，对促进五四时期北大青年走上与工农相结合的道路，起了重要的作用。如1920年冬，这时已成为共产主义知识分子的邓中夏，深入到长辛店开办劳动补习学校。这所学校是得到北大平民教育讲演团的捐赠开办的。邓中夏自觉地同工人打成一片，忘我地工作，“作具体工作的是他，作宣传指导工作的也是他，每天吃两顿窝窝或几个烧饼，用凉水送下，工作忙时，常常蓬头垢面，不加修饰，晚间不能回北京时，则用几条板凳当床铺，摆在学校课堂里睡党。”从这里可以看到当时北大进步学生走与工农相结合道路的精神风貌。
1923年当北大成立二十五周年时，庆典筹备会曾委托讲演团讲行一次“民意测量”，讲演团经过认真准备，出了十多个题目，在学、工、商、政各界征集507人参加测验。在提问的问题中有：“你心目中国内或世界大人物是哪几位？”其中国内部分获得票数最多的前三位是：孙中山（473票）、陈独秀（173票）、蔡元培（153票）。这也从一个侧面反映了当时陈、蔡在社会上的影响。
其他如少年中国学会、工读互助团等，和北大的关系也十分密切。李大钊参加了少年中国学会的发起工作，并担任学会临时编译部主任。北大社团的许多重要成员，如邓中夏、毛泽东、黄日葵、高尚德、刘仁静、张申府、许德珩、朱自清、杨钟健等都参加了这个学会。学会筹备时定的宗旨为“振作少年精神，研究真实学术，发展社会事业，转移末世风气”。1919年7月1日成立时，经李大钊等提议，其宗旨正式改为“本科学的精神为社会的活动，以创造‘少年中国’。”并为会员定了四个信条：（一）奋斗；（二）实践（三）坚忍；（四）俭朴。学会出版了《少年中国》月刊，编辑部由李大钊、康白情、张申府、孟寿椿、黄日葵五人（全为北大师生）组成。蔡元培曾称少年中国学会是“最有希望的”一个团体。随着中国革命的深入发展，这个学会成员后来发生了很大的分化。与上述革新社团相对立的，校内的守旧派也建立了他们的社团组织。1919年1月26日，刘师培、黄侃、陈汉章等发起成立了国故月刊社。成立会是在刘师培家开的，“到教员六人，同学数十人”。月刊总编辑是刘师培、黄侃，特别编辑有陈汉章、马叙伦、康心孚、黄节、林损等八人，编辑由张煊、俞士慎等十人担任；还逸出总务主任康心孚，文牍干事罗常培等。其宗旨为“昌明中国固有之学木”。规定“凡北大同学有赞成本月刊宗旨者，皆得为本社社员。”3月20日出版了《国故》月刊。他们声称：“创办月刊是出于慨然于国学沦夷，欲发起学报，以图挽救。”他们以笃守国粹为己任，攻击新文化的传播，是什么：“功利倡而廉耻丧，科学尊而礼义亡，以放荡为自由，以攘夺为责任，斥道德为虚伪，诋圣贤为国愿，滔滔者皆是也。”极力维护旧文化旧道德。《国故》上的文章，全用文言、八股写成，不用新式标点。《国故》月刊社是在新旧思潮激战的前夕，为与校内新派团体和革新刊物相对抗而出现的一个守旧社团，竭力反对新文化运动，宣扬旧文化、旧道德。但在新思潮澎湃发展的北大，国粹家们已无力招徕看客，《国故》出了四期后就草草收场了。
对于国故社，蔡元培本着学术思想自由的原则，在经济上也给予了支持。
此外，梁漱溟到北大任教后，他慨于蔡元培、陈独秀等倡导向西方学习，便以打出“研究东方学”的旗号与之抗衡，要在校内组织维护和宣扬孔学的团体。他后来在《我的自学小史》一文中，曾描述了这时的心境，他说：“民国六年，我应北京大学校长蔡孑民先生之邀入北大教书，其时文科教授有陈独秀、李大钊、高一涵、陶孟和诸先生。陈先生任文科学长。兹数先生即彼时所谓新青年派，皆是崇尚西洋思想，反对东方文化的。我日夕与之相处，无时不感压迫之严重……问题之不可忽略，非求出一解决的道路不可”。1918年10月，他在《北京大学日刊》接连几天刊登《征求研究东方学者》的启事，声称：“顾吾校自蔡先生并主讲诸先生皆深味乎欧化，而无味于东方文化，由是倡为东方学者，尚未有闻。漱溟切志出世，不欲为学问之研究，今愿留一二年为研究东方学者发其端”。他所谓的“东方学”，“特指佛陀与孔子之学”，即中国的孔学和印度的佛学。他认为孔子生于中国，佛教源于印度，然其学亦在中国。北大为中国仅有的国立大学，“世之求东方学不于中国而谁求？不于吾校而谁求？”他以振兴孔学为已任。随即在北大哲学研究所开设了“孔子哲学之研究”课程，宣扬孔学，宣称：“住世的思想之最圆满者无逾于孔子”，“其圆满抑至于不能有加”。不久，招徕一些旧派人物，在校内组织了“孔子研究会”。
除了上述具有一定政治倾向的社团外，学校还有一些互助性的社团，如1918年2月，由胡适和会计课职员郑阳和发起，蔡元培等赞助成立了成美学会，“宗旨在捐集基金以津贴可以成材而无力求学之学生。”蔡元培曾捐赠一百元为基金。1920年3月，由马叙伦等发起成立了北大教职员会，“宗旨本互助之精神，联络感情交换智识，以辅助大学之发展。”这个团体当时常组织教职员向军阀政府开展索薪斗争，并在反帝反封建的政治斗争中站在进步学生一边。
蔡元培还积极提倡学生应具有自治的能力，建立各种自治性的学生组织。这时除有学生会等组织外，还成立了北大学生银行、消费公社。由学生共同集股投资，自己经营，并作为经济商业门学生实习之用。消费公社还附设一个商业夜班，招收学校附近商店学徒，授以商业学校的普通知识。
由于蔡元培的大力扶植，北大校内社团有如夜空繁星，刊物宛似雨后春笋，各种学说竞相争长。鸢飞鱼跃，生动活泼。这种学术思想自由的原则，使北大成为当时全国唯一的一个百家争鸣的学校。
特别应该指出，这种思想自由、百家争鸣的新局面，不仅有利于资产阶级新文化的发展，而且又在客观上为马克思列宁主义的传播开辟了道路。李大钊任北大图书馆馆长期间，从国外购进了许多马克思主义的著作和有关社会主义的文献。1918年冬，李大钊在北大组织了“马客士（马克思）主义研究会”，集合同志秘密从事马克思主义的学习和研究，而对外则以研究马尔萨斯的人口论作掩护。在李大钊的带动下，北大出现了一批热心学习和传播马克思主义的先进知识分子。1919年11月，北大经济系学生李泽彰翻译了《共产党宣言》第一章，发表于《国民杂志》第二卷第一号上。1920年12月，由李大钊、费觉天、郞祥褆、郭弼藩、梅祖芬等九人发起，公开成立了“北京大学社会主义研究会”。研究会的宗旨：“是集合信仰和有能力研究社会主义的同志互相的来研究，并传播社会主义思想”；研究会当时提出的研究方法主要有：“1.文字宣传：A。编译社会主义丛书，B。翻译社会主义研究集，C。发表社会主义论文；2.讲演。”社会主义研究会的章程曾在《北京大学日刊》上刊布，从此，对社会主义学说的研究，在北大已从个别的、秘密的状态走向了有组织的、公开的阶段。与此同时，在李大钊的指导下，由邓中夏、黄日葵、高尚德、何孟宏（即何孟雄）、范鸿劼、朱务善、刘仁静、罗章龙、李酸、杨人杞（即杨东莼）等十九人，秘密酝酿成立了另一个研究、传播马克思主义的社团“北京大学马克思学说研究会”。这个研究会到1921年11月17日在北大日刊刊登启事，招收会员，对外公开。马克思学说研究会的公开成立，得到了察元培的支持。据当时研究会的发起人之一罗章龙回忆：启事“写好以后，由我和另一位同志去找蔡元培先生，要他同意把启事刊载在《北京大学日刊》上。我向蔡先生宣传一番我们为什么要组织马克思学说研究会的道理，蔡先生看了一下启事和名单，沉默了一会，最后同意给予刊登了。”“尔后，马克思学说研究会拟在北大会议厅开成立大会，蔡先生又答应了我们的请求，同时还应邀出席了成立大会，并在会上作了简短扼要的讲话。”“成立以后，需要活动场所，蔡先生又同意给两间房子，一间当办公室，一间当图书室。”蔡先生顶着反对派的压力，从精神到物质上对马克思学说研究会的支持，使我们很激动。这在当时反动派到处防范、侦缉“过激主义”、“过激党”情况下，是很不容易的。要是没有蔡先生的支持，这个组织是不能公开活动的。他对待进步事业，就是这样全心全意地支持、扶植。
罗章龙在回忆中还列举两件事，表明蔡先生对进步学生的爱护和支持，他说：“1922年冬，马克思学说研究会的成员去苏联列宁格勒出席东方民族大会，途中在黑龙江满洲里有五六个同学被当地军阀逮捕了。我去找蔡校长，蔡先生马上打电报给东三省的地方行政长官，最后成功地营救了这些学生。另一件事是这样的：1923年6月，我离开北京到上海中共中央局常委工作（当时我是中共三届中央委员），随后又奉命出国，出席共产国际第五次大会。……当时，我正是应该参加毕业考试的时候，但不能回国应试。我写信给蔡先生，说明这一情况。蔡先生说，不能回来没关系，将来可以补考。所以我于第二年补考，推迟一年毕业。”
研究会在北大活动时间前后达七、八年之久，它对于在北大传播马克思主义，引导和组织青年学生参加实际革命运动，以及促进一批进步知识分子了解和信仰马克思主义等方面，都起了非常重要的作用。当时研究会规定每星期六晚举行一次讨论会，每月举行一次演讲会。此外，他们还积极设法从国内外搜集、采购马克思主义书籍和有关社会主义的文献，并组建了一个供会员和非会员借阅的藏书室。他们给这个藏书室取名为“亢慕义斋”（亢慕义为英文Communism即共产主义的音译）。罗章龙回忆说‘亢慕义斋’，既是图书室又是翻译室，还做学会办公室……亢斋，室内墙壁正中挂有马克思像，像的两边贴有一副对朕：‘出研究室入监狱，南方兼有北方强’，还有两个口号：‘不破不立，不立不破’，四壁贴有：“革命诗歌、箴语、格言等，气氛庄严、热烈。”这是我国建立的第一个马克思主义图书室，它对于在北大以至中国迅速传播马克思主义发挥了一定作用。据1922年2月6日《北大日刊》刊载研究会通告提供的材料，它已拥有马克思主义的英文书籍四十余种，中文书籍二十余种。英文版中有马克思和恩格斯的《共产党宣言》、《社会主义从空想到科学的发展》、《哲学的贫困》、《家庭、私有制和国家的起源》、《德国的革命与反革命》、《法兰西内战》、《雇佣劳动与资本》等，有列宁的《共产主义运动中的左派幼稚病》和《无产阶级革命》。中文书有陈望道译的《共产党宣言》，恽代英译的《阶级斗争》，李汉俊译的《马克思资本论入门》，李达译的《马克思经济学说》以及李季译的《社会主义史》等。在今天的北大图书馆中，还保存有一本1920年9月再版的《共产党宣言》和八本封面盖有“亢慕义斋图书”印章的德文共产主义文献。这些珍贵的历史文献，使我们可以看到马克思主义在中国早期传播的情况。
蔡元培是认真贯彻他的兼容并包、兼收并蓄的主张，积极引进和保护各种新思想，这不仅使研究马克思主义的团体能够在北大合法存在和发展，而且在当时北大的课堂、讲坛和刊物上，也可以公开宣传马克思主义学说，介绍俄国十月革命的经验。正是在这样特定的条件下，成长起中国最早的一批共产主义者。至于蔡元培本人，则始终是一个革命民主主义者，他对马克思主义怀有敬意和好感，对其学说也有一定的了解；他允许研究马克思主义是从思想自由的原则出发的，这种态度对他来说是一以贯之。后来在1929年为李季著的《马克思传》写的序文中曾表示：“今人以反对中国共产党之故，而不敢言苏俄，不敢言列宁，驯致不敢言马克思，此误会也”。“研究马克思，不必即与中国共产党发生关系。且研究与盲从不同，研究马克思，不必即信仰马克思”。1933年3月，他在上海与陶行知、陈望道、黄炎培等百余人领衔发起纪念马克思逝世五十周年纪念会，他为此在《申报》发表《缘起》一文，在当时思想箝制、淡“马”有罪的政治环境中，他公开表达对马克思及其学说的敬意，他说：“在此短促的五十周中，马克思之学说所给予世界之影响至为重大。而五十年来世人对于马克思，无论其为憎为爱，为毁为誉，而于马克思之为一伟大之思想家，为近史科学社会主义之始祖，则殆无人否认。”他明确反对文化专制主义，箝制思想的做法，表示“同人等今基于纯正之研究学术立场上，发起纪念马克思逝世五十周年会，一以致真挚之敬意于此近代伟大之思想家，同时亦即作研究自由、思想自由之首倡，并打破我国学术界近年来一种思想义和团之堡垒。”这反映了他一贯奉行的思想自由的原则，坚持有研究马克思学说的自由。
这里值得一提的是，青年毛泽东得以在北大工作并在这里开始接触马克思主义，也同蔡元培的支持不无关系。1918年8月，为商谈赴法勤工俭学事，毛泽东、萧瑜等几个新民学会会员联袂北上。到京后，毛泽东决计留在国内，拟在北大寻一事做。其时，他们在湖南第一师范读书时的老师杨昌济，正在北大哲学系任教，他也曾希望毛泽东能“入北京大学”，以为日后打下“可大可久之基”。据同时来京的萧瑜（子昇）回忆：这时他们写信给蔡元培，“要求他雇用我们的一个无法赴法国的同伴为校内的清洁工人。蔡元培先生是位了不起的人，他看了我们的信后，立即就明白这是怎么一回事。但他有更好的主意，他怜悯毛泽东，对于他能够刻苦自励，甚是高兴，因此他没有让他去做清洁工人，而可到校内的图书馆去工作。因此他写了一封信给北大图书馆长李大钊先生，信中说：‘毛泽东需要在本校求职，使其得以半工半读，请在图书馆内为他安排一职’”于是经李大钊的安排，毛泽东当了北大图书馆的助理员，每月月薪八元；具体工作是管理上海《民国日报》、北京《国民公报》、《顺天时报》、天津《大公报》、长沙《大公报》以及英文《北京导报》、日文《支那新报》等十五种中外文报纸，每天登记新到报刊和来阅览人姓名。虽然位卑事琐，但它为青年毛泽东提供了一个接触新思想的广阔天地。他当时住在景山东街的一条名叫三眼井吉安东夹道的小胡同里，在这七号小院的北房西间，他和蔡和森、罗学瓒等八位新民学会会员，同居一室，“隆然高坑，大被同眠”，夜晚任何一个要翻个身，都要先和周围伙伴打个招呼。这里条件虽劣，但离沙滩红楼很近，便于活动。他在北大积极参加了哲学会和新闻学研究会的社团活动，结识了察元培、陈独秀、李大钊、邓中夏、邵飘萍、胡适等新派人物，特别是开始学习、研究马克思主义。他后来曾回忆说：“我在李大钊手下在国立北京大学当图书馆管理员的时候，就迅速地朝着马克思主义的方向发展。”毛泽东在北大期间加入我国早期共产主义者的行列，这是北大校史上光荣的一页。
可以说，北京大学成为中国最早传播马克思主义的地方，五四时期在北大成长出一批中国早期共产主义知识分子，并不是偶然的。虽然，促进马克思主义在中国传播并非蔡元培的本意，但他却确实为此做了好事。
蔡元培积极提倡大学生应当有新的“世界观与人生观”，要革除科举时代的观念，要“发扬学生自动之精神，而引起其服务社会之习惯。”他曾指出：“大凡研究学理的结果，必要影响于人生。倘没有养成博爱人类的心情，服务社会的习惯，不但印证的材料不完全，就是研究的结果也是虚无。所以本校提倡消费公社，平民讲演，校役夜班，与新潮杂志等，这些都是本校最注重的事項”。蔡元培正是从提高学生研究学术的兴趣、培养学生服务社会的精神出发，本思想自由的原则，对这些社团都给予了直接或间接的支持。当时学校设有学生事业委员会，作为对学生事业的指导机构。其组织大纲规定：“凡大学学生兴办事业，须于未成立前，将其宗旨、办法及职员姓名，函经本委员会审议，转呈校长察核备案。其已兴办之事业，本委员会得依其职权调查或整理之”。1922年3月设立的学生事业委员会，由李大钊任委员长。
随着新文化运动的发展，在五四前夕，校内的和以北大师生为主的革新社团和进步刊物已相继出现。当时在校内和社会上发生过重大影响的，主要有国民社、新潮社、平民教育讲演团等社团组织。
1918年5月北京学生反对中日军事密约的爱国政治斗争，虽然没有取得直接的结果，但这次斗争促使学生们组织了起来。北大等校学生首先组织了学生爱国会，随后又联络天津、上海、湖南等地学生，联合组成了学生救国会。这个团体在团结全国学生方面发挥了积极作用，并因此受到反动政府的干渉。
救国会为了加强联系和扩大宣传，决定成立国民社，出版《国民》杂志。国民社成员不限于北大师生，但北大学生很多，其中如邓中夏、高尚德、黄日葵、许德珩、张国焘、易克嶷、黄建中、廖书仓、朱一鹗、谢绍敏、李芳、陈宝锷、陈钟凡、周炳琳等在其中都起了骨干作用，并参加了编辑委员会工作。李大钊对国民社给予了热情的帮助和指导，据许德珩回忆说：“李大钊是《国民》杂志的总顾问，我们有事都和他商量”。国民社拥有的群众较广泛，社员曾达到一百八十多人，成员中既有一些具有初步共产主义思想的知识分子，也有许多无政府主义者，后来成为反动政客的段锡期，这时出担任过国民社的评议部部长》国民社于1918年10月20日正式成立。《国民》杂志于1919年1月1日出版。
国民社的成立得到了察元培的支持和帮助。他曾出席国民社的成立大会，并为《国民》杂志创刊号写了序言。他在序文中对杂志提出了三点希望：“一曰正确”，“二曰纯洁”，“三曰博大”。他指出，同学出于爱国之心而筹办刊物，但须知“爱国不可不有热城；而救国之计画，则必持以冷静之头脑，必灼见于事实之不诬而始下判断，则正确之谓也。”“救国者，艰苦之业也。”他列举历史上艰苦创业的事迹，勉励《国民》杂志保持正确的方向和纯洁的内容。他说：“墨翟生勤而死薄，勾践卧薪而尝胆，范仲淹先天下之忧而忧，后天下之乐而乐。断未有溺情于耳目之娱，侈靡之习，而可以言救国者。近来我国杂志，往往一部分为痛哭流涕长太息之治安策，而一部分则杂以侧艳之诗文，恋爱之小说，是一方面欲增进国民之人格，而一方面则转以陷溺之也。愿国民杂志慎勿以无聊之词章充篇幅”。他还勉励杂志要有博大的胸杯，“勿提倡极端利己的国家主义”。最后他说：“国民杂志之酝酿，已历半年，卒底于成，不能不佩社员之毅力。自此以前，尚为一鼓作气之时期。若前数期出版以后，渐渐弛其责无旁贷之决心，则此后之困难，正不弱于酝酿时期。愿社员永永保此朝气，进行不怠，则于诸君唤醒国民之初心始为无负也。”
国民社在其成立启事中说：“本杂志由学界同志组织而成，抱定左列四大宗旨：（一）增进国民人格；（二）研究学木；（三）灌输国民常识；（四）提倡国货。”还约请李大钊为指导，邵飘萍、徐悲鸿为顾问。《国民》杂志表现了它积极关心政治，具有明显的反帝爱国的色彩。如邓中夏以“大壑”为笔名，每期都为刊物撰述“国内外大事”，并经常发表评论时事的文章。李大钊的重要文章《大亚细亚主义与新亚细亚主义》，就发表在《国民》第一卷第二号上。虽然在五四以前，《国民》还是用文言文发表文章，使它的战斗力有所减弱；但它对帝国主义，特别是对当时中国最凶恶的故人日本帝国主义的猛烈攻击，明确提出取消“二十一条”和归还台湾、废除“中日共同防敌军事协定”等要求，对五四运动的兴起起了重要的宣传作用。它的许多成员，在五四运动中起到了中坚作用；而其中的一些人则成为中国共产党的早期党员。
国民社成立后不久，1918年12月3日，北大文科的一部分学生，成立了新潮社。第二年一月出版了《新潮》杂志。
新潮社同样得到蔡元培的热情支持。新潮社酝酿的时间较长，早在1917年秋天，新潮社发起人傅斯年、顾颉刚、徐彦之，及后来加入的罗家伦、潘家洵等，常在一起闲谈。“他们谈到北京大学的前途时，感觉到自蔡校长主持北大后，学校已成为名副其实的学府，循此前进，不难成为中国一切新思想、新学术的策源地。做学生的应该办几种杂志，竭力尽力，来宣扬学校的新精神，鼓动学者研究学术的兴趣，这对于自己的前途也有好处。”但是，当时办刊物的最大难题是缺乏经费。直至翌年秋天，他们才把酝酿中的计划付诸实行，正式向文科学长陈独秀要求学校帮助解决经费问题，陈表示：“只要你们有创办的决心和长久支持的志愿，经济方面可以由学校负担！”后经蔡元培同意，由学校从每月颇为拮据的经费中拨出两千元，为刊物垫付印刷费，发行也由学校出版部兼办。顾颉刚在《回忆新潮社》一文中说：“李大钊曾给过新潮社很多帮助和指导。他虽不公开出面，但经常和社员们联系，并为《新潮》写稿”。李大钊还将红楼图书馆一层二十二号房间拨给新潮社作社址。蔡元培还亲自为《新潮》题写了刊名。新潮社按其组织章程规定本校同学投稿三次经本志登载者，得由本社约为社员；“非本校同学投稿三次经本志登载者，有社员二人以上之介绍，得由本社约为社员。”社员大多数是北大学生，也有少数教员和校外人士。主要骨干有傅斯年（主任编辑）、罗家伦（编辑）、徐彦之（主任干事）、毛子水、杨振声、李小峰、康白情等。社员有何思源、谭鸣谦（平山）、俞平伯、顾颉刚、潘家洵、张崧年、郭绍虞、叶圣陶、孙伏园等。刚成立时只有社员二十七人，到1919年底为三十七人；以后陆续加入的，也只有朱自清、冯友兰、孙福熙、周作人等几个人。社员人数很少。
1919年1月，《新潮》与《国民》同时创刊。新潮社宣布：“专以介绍西洋近代思潮，批评中国现代学术上、社会上各问题为职司，不取庸言，不为无主义之文辞。”确定刊物应具备的要素为：（一）批评的精神；（二）科学的主义；（三）革新的文词。它一开始就以“文艺复兴”相标榜，主张“去遗传的科举思想，进于现世的科学思想；去主观的武断思想，进于客观的怀疑思想。”它与《新青年》相呼应，反对吃人的封建礼教，提倡个性解放和妇女解放，鼓吹文学革命和“伦理革命”。《新潮》发表的文章和文艺作品，以白话新体为主，使用新式标点。
《新潮》在新文化运动中曾产生过广泛的影响。它的第一卷第一期发行不到一个月，就接连三版，达一万多份；以后各期也多在一万五千份左右，这在当时已是一个惊人的数目了。新潮社除出版《新潮》杂志外，还发行一套定名为《新潮丛书》的文艺丛书。1920年，新潮社还编辑出版了一部《蔡孑民先生言行录》。
《新潮》反封建文化思想的宣传，曾招致旧势力的忌恨。一个安福系国会议员曾向教育部指控《新青年》、《新潮》等杂志，陈说“此等出版物实为纲常名教之罪人”，竟要教育部将其取缔制裁。1919年4月，教育总长傅增湘曾致书蔡元培，指责《新潮》持论逾于学术范围之外，称《新潮》出版，辇下耆宿对于在事员生不无微词；要求遵行軌道，发为言论，“若其以仓卒之议翘于群众，义有未安，辄以滋病，殆有未可。”反对革新进步，畏惧新思想流行。蔡元培当即作书回答，他针对所谓张新说而悖旧谊的指责，用兼容并包的宗旨巧妙地指出：“敝校一部分学生所组之《新潮》出版以后，又有《国故》之发行，新旧共张，无所缺琦。在学生则随其好尚，各尊所闻。当事之员，亦甚愿百虑殊途，不拘一格以容纳之。局外人每于大学内情有误会之处，然若持《新潮》、《国故》两相比拟，则知大学中笃念往昔，为匡掖废坠之计者，实亦不弱于外间耆贤也。”同时针对所谓喜为抨击的指责，说：“至于持论，间有殊于旧贯者，容为外间误会之所集。然苟能守学理范围内之研究，为细密平心之讨论，不涉意气之论，少为逆俗之言，当亦有益而无弊”。为《新潮》作了辩护，保护了这个刊物。
《新潮》在新文化运动中赢得了很高的声誉，但这个社团受胡适的影响很深，一开始就表现了政治上的改良主义和文化思想上盲目崇拜西方的倾向。他们对政治斗争始终持冷漠态度；对民族文化持虚无主义态度，竟称“极端的崇外，却未尝不可”。对于新潮社脱离政治的错误，鲁迅曾提出过严肃的批评。五四以后，新潮社中的绝大多数成员，都迅速地向右转了。他们当中的一些人，如傅斯年、罗家伦等，则咒骂学生运动，醉心出洋留学，追求个人升官，与当时的进步运动分道扬镳。
国民社和新潮社是当时青年学生中有代表性的两大社团，也都颇有影响。《国民》是以反对日本帝国主义的宣传为主要内容，具有较鲜明的反帝爱国的色彩，《新潮》则以倡言“文学革命”和“伦理革命”而出名，在反对封建文化思想斗争中起了重要作用。但是，随着新文化运动的深入发展，《国民》在李大钊的推动下积极参加关于改造社会的讨论，并开始进行某些社会主义宣传；而《新潮》则在胡适的影响下成了宣传实用主义的阵地。与此同时，这两个刊物的主要成员，也向着不同的两极迅速分化。这反映了五四时期思想战线上的激烈斗争，反映了中国知识分子不同的发展道路。
1919年3月，由邓康（即邓中夏）、廖书仓、黄日葵、许德珩、张国焘（哲学系学生）等发起成立了平民教育讲演团。先是一些热心平民教育的同学在校役夜班讲解时事，取得很好效果，于是酝酿扩大到社会上去。1919年3月7日，邓中夏等十四位发起人在《北京大学日刊》上刊登了征集团员的启事。从这个启事中，可以明显看到它是受到蔡元培的平民教育思想的影响。启事如下：
盖闻教育之大别有二：一曰以人就学之教育，学校教育是也；一曰以学就人之教育，露天演讲、刊发出版物是也。共和国家以平民教育为基础。平民教育，普及教育也，平发教育也。学校教育惟饶于资财者之子弟始得享受，而寒醆之子弟及边于生计而中途失学者不与焉，未足语于平民教育。苟之术以补敕之，则人民智识必大相悬殊，社会上不平之景象必层见迭出，共和国体必根本动摇。补助之术维何？厥曰露天演讲、刊布出版物，亦即所以补助学校教育之所不及者也。顾以吾国平民识字者少，能阅印刷品出版物者只恨于少数人，欲期教育之普及与平等，自非从事演讲不为功。北京大学固以平民主义之大学为标语者也。平民主义之大学，注重平民主义之实施，故平民教育尚焉。同人等发起兹团，所以达此者也。同学中热心平民教育者，愿兴起共襄斯举。
3月23日，在马神庙第二院校长室召开了平民教育讲演团成立大会。讲演团的宗旨是“增进平民知识，唤起平民自觉心”。开始时有团员三十九人，多是国民社和新潮社的成员，邓中夏、廖书仓被推举为总干事，黄日葵、高尚德、许德珩、朱自清、杨钟健等都是这个团的成员。据许德珩回忆，“毛泽东也参加了这个组织”。讲演团设在马神庙东口，除讲演外，还设书报阅览室，供人阅览。经费除团员交纳的团费外，还通过募捐的办法筹集，其募捐启事常有“诸君子所费无几，于一般劳苦的兄弟姐妹们受惠实大”这样颇富感染力的话。讲演团规定每学期至少讲演二次以上，否则即为脱离关系；并要求轮值时，“除婚丧疾病外，不得推倭”。
蔡元培是积极提倡普及社会教育的，因而他对平民教育讲演团十分重视，把它作为养成学生服务社会精神的重要途径。他曾说：“平民讲演，用讲演的形式与平民以知识，也是一件好事。”又说：平民讲演，“由学生传之各地方，一定可以提起国民自治的精神。”
讲演团多利用假日，到闹市或郊区去讲演。他们曾深入到海淀、长辛店、丰台、卢沟桥、通县等地区，向工农宣传爱国主义思想和文化科学知识。他们常利用庙会、集市、游艺场等，打着小旗，敲着小锣，招引群众。开始，由于学生腔大家听不懂，群众不欢迎；后来注意学习群众语言，讲题紧密结合时事，如《青岛交涉失败史》、《日本的野心和中国救亡的法子》等，群众十分爱听。有一次东便门蟠桃宫举行三天庙会，讲演团连续在这里讲了三天。邓中夏也去讲了两次，题目是：《家庭制度》和《现在的皇帝倒霉了》。北大日刊曾载文报道了当时的情景：“是时黄沙满天，不堪张目，而其听讲者之踊跃，实出乎意料之外。”据统计，从1921年11月5日至1922年3月27日，除去假期约三个月时间，共讲演了一百零二个讲题。其中有关民主政治的20题（如《法律是保护人民的》、《民国与国民》、《洋车夫与大总统的比较》等），有关科学知识的21题（如《肺痨病》、《刮风的原因》、《铁路的起源和变迁》等），其他还有时事、生活、修养和历史故事等。从这里可以看到他们从事平民讲演的可贵的热情和精神。平民教育讲演团的实践活动，对促进五四时期北大青年走上与工农相结合的道路，起了重要的作用。如1920年冬，这时已成为共产主义知识分子的邓中夏，深入到长辛店开办劳动补习学校。这所学校是得到北大平民教育讲演团的捐赠开办的。邓中夏自觉地同工人打成一片，忘我地工作，“作具体工作的是他，作宣传指导工作的也是他，每天吃两顿窝窝或几个烧饼，用凉水送下，工作忙时，常常蓬头垢面，不加修饰，晚间不能回北京时，则用几条板凳当床铺，摆在学校课堂里睡党。”从这里可以看到当时北大进步学生走与工农相结合道路的精神风貌。
1923年当北大成立二十五周年时，庆典筹备会曾委托讲演团讲行一次“民意测量”，讲演团经过认真准备，出了十多个题目，在学、工、商、政各界征集507人参加测验。在提问的问题中有：“你心目中国内或世界大人物是哪几位？”其中国内部分获得票数最多的前三位是：孙中山（473票）、陈独秀（173票）、蔡元培（153票）。这也从一个侧面反映了当时陈、蔡在社会上的影响。
其他如少年中国学会、工读互助团等，和北大的关系也十分密切。李大钊参加了少年中国学会的发起工作，并担任学会临时编译部主任。北大社团的许多重要成员，如邓中夏、毛泽东、黄日葵、高尚德、刘仁静、张申府、许德珩、朱自清、杨钟健等都参加了这个学会。学会筹备时定的宗旨为“振作少年精神，研究真实学术，发展社会事业，转移末世风气”。1919年7月1日成立时，经李大钊等提议，其宗旨正式改为“本科学的精神为社会的活动，以创造‘少年中国’。”并为会员定了四个信条：（一）奋斗；（二）实践（三）坚忍；（四）俭朴。学会出版了《少年中国》月刊，编辑部由李大钊、康白情、张申府、孟寿椿、黄日葵五人（全为北大师生）组成。蔡元培曾称少年中国学会是“最有希望的”一个团体。随着中国革命的深入发展，这个学会成员后来发生了很大的分化。与上述革新社团相对立的，校内的守旧派也建立了他们的社团组织。1919年1月26日，刘师培、黄侃、陈汉章等发起成立了国故月刊社。成立会是在刘师培家开的，“到教员六人，同学数十人”。月刊总编辑是刘师培、黄侃，特别编辑有陈汉章、马叙伦、康心孚、黄节、林损等八人，编辑由张煊、俞士慎等十人担任；还逸出总务主任康心孚，文牍干事罗常培等。其宗旨为“昌明中国固有之学木”。规定“凡北大同学有赞成本月刊宗旨者，皆得为本社社员。”3月20日出版了《国故》月刊。他们声称：“创办月刊是出于慨然于国学沦夷，欲发起学报，以图挽救。”他们以笃守国粹为己任，攻击新文化的传播，是什么：“功利倡而廉耻丧，科学尊而礼义亡，以放荡为自由，以攘夺为责任，斥道德为虚伪，诋圣贤为国愿，滔滔者皆是也。”极力维护旧文化旧道德。《国故》上的文章，全用文言、八股写成，不用新式标点。《国故》月刊社是在新旧思潮激战的前夕，为与校内新派团体和革新刊物相对抗而出现的一个守旧社团，竭力反对新文化运动，宣扬旧文化、旧道德。但在新思潮澎湃发展的北大，国粹家们已无力招徕看客，《国故》出了四期后就草草收场了。
对于国故社，蔡元培本着学术思想自由的原则，在经济上也给予了支持。
此外，梁漱溟到北大任教后，他慨于蔡元培、陈独秀等倡导向西方学习，便以打出“研究东方学”的旗号与之抗衡，要在校内组织维护和宣扬孔学的团体。他后来在《我的自学小史》一文中，曾描述了这时的心境，他说：“民国六年，我应北京大学校长蔡孑民先生之邀入北大教书，其时文科教授有陈独秀、李大钊、高一涵、陶孟和诸先生。陈先生任文科学长。兹数先生即彼时所谓新青年派，皆是崇尚西洋思想，反对东方文化的。我日夕与之相处，无时不感压迫之严重……问题之不可忽略，非求出一解决的道路不可”。1918年10月，他在《北京大学日刊》接连几天刊登《征求研究东方学者》的启事，声称：“顾吾校自蔡先生并主讲诸先生皆深味乎欧化，而无味于东方文化，由是倡为东方学者，尚未有闻。漱溟切志出世，不欲为学问之研究，今愿留一二年为研究东方学者发其端”。他所谓的“东方学”，“特指佛陀与孔子之学”，即中国的孔学和印度的佛学。他认为孔子生于中国，佛教源于印度，然其学亦在中国。北大为中国仅有的国立大学，“世之求东方学不于中国而谁求？不于吾校而谁求？”他以振兴孔学为已任。随即在北大哲学研究所开设了“孔子哲学之研究”课程，宣扬孔学，宣称：“住世的思想之最圆满者无逾于孔子”，“其圆满抑至于不能有加”。不久，招徕一些旧派人物，在校内组织了“孔子研究会”。
除了上述具有一定政治倾向的社团外，学校还有一些互助性的社团，如1918年2月，由胡适和会计课职员郑阳和发起，蔡元培等赞助成立了成美学会，“宗旨在捐集基金以津贴可以成材而无力求学之学生。”蔡元培曾捐赠一百元为基金。1920年3月，由马叙伦等发起成立了北大教职员会，“宗旨本互助之精神，联络感情交换智识，以辅助大学之发展。”这个团体当时常组织教职员向军阀政府开展索薪斗争，并在反帝反封建的政治斗争中站在进步学生一边。
蔡元培还积极提倡学生应具有自治的能力，建立各种自治性的学生组织。这时除有学生会等组织外，还成立了北大学生银行、消费公社。由学生共同集股投资，自己经营，并作为经济商业门学生实习之用。消费公社还附设一个商业夜班，招收学校附近商店学徒，授以商业学校的普通知识。
由于蔡元培的大力扶植，北大校内社团有如夜空繁星，刊物宛似雨后春笋，各种学说竞相争长。鸢飞鱼跃，生动活泼。这种学术思想自由的原则，使北大成为当时全国唯一的一个百家争鸣的学校。
特别应该指出，这种思想自由、百家争鸣的新局面，不仅有利于资产阶级新文化的发展，而且又在客观上为马克思列宁主义的传播开辟了道路。李大钊任北大图书馆馆长期间，从国外购进了许多马克思主义的著作和有关社会主义的文献。1918年冬，李大钊在北大组织了“马客士（马克思）主义研究会”，集合同志秘密从事马克思主义的学习和研究，而对外则以研究马尔萨斯的人口论作掩护。在李大钊的带动下，北大出现了一批热心学习和传播马克思主义的先进知识分子。1919年11月，北大经济系学生李泽彰翻译了《共产党宣言》第一章，发表于《国民杂志》第二卷第一号上。1920年12月，由李大钊、费觉天、郞祥褆、郭弼藩、梅祖芬等九人发起，公开成立了“北京大学社会主义研究会”。研究会的宗旨：“是集合信仰和有能力研究社会主义的同志互相的来研究，并传播社会主义思想”；研究会当时提出的研究方法主要有：“1.文字宣传：A。编译社会主义丛书，B。翻译社会主义研究集，C。发表社会主义论文；2.讲演。”社会主义研究会的章程曾在《北京大学日刊》上刊布，从此，对社会主义学说的研究，在北大已从个别的、秘密的状态走向了有组织的、公开的阶段。与此同时，在李大钊的指导下，由邓中夏、黄日葵、高尚德、何孟宏（即何孟雄）、范鸿劼、朱务善、刘仁静、罗章龙、李酸、杨人杞（即杨东莼）等十九人，秘密酝酿成立了另一个研究、传播马克思主义的社团“北京大学马克思学说研究会”。这个研究会到1921年11月17日在北大日刊刊登启事，招收会员，对外公开。马克思学说研究会的公开成立，得到了察元培的支持。据当时研究会的发起人之一罗章龙回忆：启事“写好以后，由我和另一位同志去找蔡元培先生，要他同意把启事刊载在《北京大学日刊》上。我向蔡先生宣传一番我们为什么要组织马克思学说研究会的道理，蔡先生看了一下启事和名单，沉默了一会，最后同意给予刊登了。”“尔后，马克思学说研究会拟在北大会议厅开成立大会，蔡先生又答应了我们的请求，同时还应邀出席了成立大会，并在会上作了简短扼要的讲话。”“成立以后，需要活动场所，蔡先生又同意给两间房子，一间当办公室，一间当图书室。”蔡先生顶着反对派的压力，从精神到物质上对马克思学说研究会的支持，使我们很激动。这在当时反动派到处防范、侦缉“过激主义”、“过激党”情况下，是很不容易的。要是没有蔡先生的支持，这个组织是不能公开活动的。他对待进步事业，就是这样全心全意地支持、扶植。
罗章龙在回忆中还列举两件事，表明蔡先生对进步学生的爱护和支持，他说：“1922年冬，马克思学说研究会的成员去苏联列宁格勒出席东方民族大会，途中在黑龙江满洲里有五六个同学被当地军阀逮捕了。我去找蔡校长，蔡先生马上打电报给东三省的地方行政长官，最后成功地营救了这些学生。另一件事是这样的：1923年6月，我离开北京到上海中共中央局常委工作（当时我是中共三届中央委员），随后又奉命出国，出席共产国际第五次大会。……当时，我正是应该参加毕业考试的时候，但不能回国应试。我写信给蔡先生，说明这一情况。蔡先生说，不能回来没关系，将来可以补考。所以我于第二年补考，推迟一年毕业。”
研究会在北大活动时间前后达七、八年之久，它对于在北大传播马克思主义，引导和组织青年学生参加实际革命运动，以及促进一批进步知识分子了解和信仰马克思主义等方面，都起了非常重要的作用。当时研究会规定每星期六晚举行一次讨论会，每月举行一次演讲会。此外，他们还积极设法从国内外搜集、采购马克思主义书籍和有关社会主义的文献，并组建了一个供会员和非会员借阅的藏书室。他们给这个藏书室取名为“亢慕义斋”（亢慕义为英文Communism即共产主义的音译）。罗章龙回忆说‘亢慕义斋’，既是图书室又是翻译室，还做学会办公室……亢斋，室内墙壁正中挂有马克思像，像的两边贴有一副对朕：‘出研究室入监狱，南方兼有北方强’，还有两个口号：‘不破不立，不立不破’，四壁贴有：“革命诗歌、箴语、格言等，气氛庄严、热烈。”这是我国建立的第一个马克思主义图书室，它对于在北大以至中国迅速传播马克思主义发挥了一定作用。据1922年2月6日《北大日刊》刊载研究会通告提供的材料，它已拥有马克思主义的英文书籍四十余种，中文书籍二十余种。英文版中有马克思和恩格斯的《共产党宣言》、《社会主义从空想到科学的发展》、《哲学的贫困》、《家庭、私有制和国家的起源》、《德国的革命与反革命》、《法兰西内战》、《雇佣劳动与资本》等，有列宁的《共产主义运动中的左派幼稚病》和《无产阶级革命》。中文书有陈望道译的《共产党宣言》，恽代英译的《阶级斗争》，李汉俊译的《马克思资本论入门》，李达译的《马克思经济学说》以及李季译的《社会主义史》等。在今天的北大图书馆中，还保存有一本1920年9月再版的《共产党宣言》和八本封面盖有“亢慕义斋图书”印章的德文共产主义文献。这些珍贵的历史文献，使我们可以看到马克思主义在中国早期传播的情况。
蔡元培是认真贯彻他的兼容并包、兼收并蓄的主张，积极引进和保护各种新思想，这不仅使研究马克思主义的团体能够在北大合法存在和发展，而且在当时北大的课堂、讲坛和刊物上，也可以公开宣传马克思主义学说，介绍俄国十月革命的经验。正是在这样特定的条件下，成长起中国最早的一批共产主义者。至于蔡元培本人，则始终是一个革命民主主义者，他对马克思主义怀有敬意和好感，对其学说也有一定的了解；他允许研究马克思主义是从思想自由的原则出发的，这种态度对他来说是一以贯之。后来在1929年为李季著的《马克思传》写的序文中曾表示：“今人以反对中国共产党之故，而不敢言苏俄，不敢言列宁，驯致不敢言马克思，此误会也”。“研究马克思，不必即与中国共产党发生关系。且研究与盲从不同，研究马克思，不必即信仰马克思”。1933年3月，他在上海与陶行知、陈望道、黄炎培等百余人领衔发起纪念马克思逝世五十周年纪念会，他为此在《申报》发表《缘起》一文，在当时思想箝制、淡“马”有罪的政治环境中，他公开表达对马克思及其学说的敬意，他说：“在此短促的五十周中，马克思之学说所给予世界之影响至为重大。而五十年来世人对于马克思，无论其为憎为爱，为毁为誉，而于马克思之为一伟大之思想家，为近史科学社会主义之始祖，则殆无人否认。”他明确反对文化专制主义，箝制思想的做法，表示“同人等今基于纯正之研究学术立场上，发起纪念马克思逝世五十周年会，一以致真挚之敬意于此近代伟大之思想家，同时亦即作研究自由、思想自由之首倡，并打破我国学术界近年来一种思想义和团之堡垒。”这反映了他一贯奉行的思想自由的原则，坚持有研究马克思学说的自由。
这里值得一提的是，青年毛泽东得以在北大工作并在这里开始接触马克思主义，也同蔡元培的支持不无关系。1918年8月，为商谈赴法勤工俭学事，毛泽东、萧瑜等几个新民学会会员联袂北上。到京后，毛泽东决计留在国内，拟在北大寻一事做。其时，他们在湖南第一师范读书时的老师杨昌济，正在北大哲学系任教，他也曾希望毛泽东能“入北京大学”，以为日后打下“可大可久之基”。据同时来京的萧瑜（子昇）回忆：这时他们写信给蔡元培，“要求他雇用我们的一个无法赴法国的同伴为校内的清洁工人。蔡元培先生是位了不起的人，他看了我们的信后，立即就明白这是怎么一回事。但他有更好的主意，他怜悯毛泽东，对于他能够刻苦自励，甚是高兴，因此他没有让他去做清洁工人，而可到校内的图书馆去工作。因此他写了一封信给北大图书馆长李大钊先生，信中说：‘毛泽东需要在本校求职，使其得以半工半读，请在图书馆内为他安排一职’”于是经李大钊的安排，毛泽东当了北大图书馆的助理员，每月月薪八元；具体工作是管理上海《民国日报》、北京《国民公报》、《顺天时报》、天津《大公报》、长沙《大公报》以及英文《北京导报》、日文《支那新报》等十五种中外文报纸，每天登记新到报刊和来阅览人姓名。虽然位卑事琐，但它为青年毛泽东提供了一个接触新思想的广阔天地。他当时住在景山东街的一条名叫三眼井吉安东夹道的小胡同里，在这七号小院的北房西间，他和蔡和森、罗学瓒等八位新民学会会员，同居一室，“隆然高坑，大被同眠”，夜晚任何一个要翻个身，都要先和周围伙伴打个招呼。这里条件虽劣，但离沙滩红楼很近，便于活动。他在北大积极参加了哲学会和新闻学研究会的社团活动，结识了察元培、陈独秀、李大钊、邓中夏、邵飘萍、胡适等新派人物，特别是开始学习、研究马克思主义。他后来曾回忆说：“我在李大钊手下在国立北京大学当图书馆管理员的时候，就迅速地朝着马克思主义的方向发展。”毛泽东在北大期间加入我国早期共产主义者的行列，这是北大校史上光荣的一页。
可以说，北京大学成为中国最早传播马克思主义的地方，五四时期在北大成长出一批中国早期共产主义知识分子，并不是偶然的。虽然，促进马克思主义在中国传播并非蔡元培的本意，但他却确实为此做了好事。
