DNA只有遗传作用,最终执行生命功能的分子是蛋白质,蛋白质使我们的模样像我们的父母。这就是说,DNA的遗传信息必须转变为蛋白质的氨基酸顺序才能起作用。
6.1电报通信与遗传密码1943年,伟大的量子物理学家薛定谔在其名著《什么是生命》一书中提到了“遗传密码”这个概念,他把遗传物质到生命功能表现的过程看作一个通信过程,也就是说从DNA到蛋白质是一个通信过程,这个过程采用电报通信方式。
我们在电报通信中要使用密码,我国电报密码一般是4
个数字决定一个汉字,这就是四联体密码。我们很容易算出,从0到9的十个数字,每4个决定一个汉字,共可决定104个汉字。
在生命的遗传通信中,核苷酸相当于数字,共4个,氨基酸相当于汉字,共20个。遗传通信的密码是几联体呢?
假设是单联体,即一个核苷酸决定一个氨基酸,那么4种核苷酸只能决定4个氨基酸,显然是不够的;假设是二联体,
可决定42=16种氨基酸;假设是三联体,可决定43=64种氨基酸,够用了!还有剩余,这没关系,只怕少不怕多。多了的话可以多个密码决定一个汉字,如123和124决定同一个字。这样几个决定同一个字的密码被称作同义码。
这一想法首先由盖莫夫提出来,沃森-克里克发表他们的划时代的文章后同盖莫夫通过信,盖莫夫提出了上述想法,时值1954年。盖莫夫是一位物理学、著名的科普作家,
他还是宇宙大爆炸理论的提出者。
到1964年,20种氨基酸的密码全部破译出来了,其中有一个起始码,三个终止码(不决定氨基酸,相当于句号)。
尼仑伯格・柯纳拉和霍利因破译遗传密码的功劳而荣获1968年的诺贝尔生理医学奖。
6.2遗传信使mRNA
问题又来了。我们知道DNA存在于细胞核中,不能自由出入细胞核,而蛋白质是在细胞质中合成的,那么DNA遗传信息如何从细胞核传到细胞质中呢?我们知道电报是通过电波或人传送的,由此类推,细胞中也一定有一种物质把遗传信息从细胞核传到细胞质中。这种物质必须有两个特点:第一,能出入细胞核,也就是说在细胞核和细胞质中都能找到;第二,它能按某种规则把遗传密码抄录下来。第二个特点更重要。
法国噬菌体遗传学家雅各布和莫诺于1960年提出这一想法,认为这种物质应该是一种RNA,它们被称为信使RNA(mRNA),是遗传信使的意思。我们前面已介绍了RNA,它也是一种核酸,它可以根据查伽夫原则与DNA单链互补配对合成。不过与A配对的不是T,而是U,因为RNA中只有U而没有T。
1961年,布伦纳、雅各布和梅塞森用实验证明了这一想法,并找到了mRNA。
6.3RNA的转录过程mRNA是遗传信息的传递者,是遗传信息的中转站,遗传信息从DNA到mRNA的过程被形象地称为转录,有抄录或转抄的意思。
RNA转录与DNA复制一样,遵循查伽夫原则,不过这一原则的内容已稍有修改:A-U,C-G,T-A,G-C,左边是DNA的核苷酸或碱基,右边是RNA的核苷酸或碱基。
RNA的转录由一种叫做RNA聚合酶的天使来执行,它由五个亚基(多肽链)构成,α2βσ′又称全酶。α2β′是酶的核心部位,称核心酶;σ是转录的起始因子,σ是希腊字,形状很像我们交通警察指示前进方向的手势。σ因子是转录的先遣者,它可以在DNA双链上找到特殊的结合部位,这个部位是转录的起点;一旦σ结合到DNA上,核心酶便仿佛看到了指引前进的信号(手势),便见机行事,迅速结合到DNA双链上并解开DNA双链的氢键。这样结合着的全酶,RNA转录并不能开始,σ因子立即意识到责任在自己,
它要是再留在上面就会阻碍整个行动,使得前功尽弃,因而它知趣地退居二线。于是RNA的转录轰轰烈烈地开展起来。
核心酶推动RNA合成前进的方向也只能沿DNA模板链3′→5′进行,因为DNA双链只能有一条链转录,所以它没有交通大队长遇上的难题,也就是说只有一条行人道,而且是单行道。有转录功能的DNA链称为有意义链,没有转录功能的另一条DNA链称为无意义链。这种转录方式称为不对称转录。
转录的RNA比DNA分子要短得多,也就是说,它只能转录DNA的一部分就得停止下来。转录终止不是自动的,需要一个特殊的因子参与,这个因子就是ρ因子,ρ也是希腊字母,它的形状很像交通警察阻止车辆通行的手势。ρ因子在转录终止时结合到核心酶前面,核心酶见到“路障”,立即从DNA上撤离下来,合成的RNA也跟着撤离下来。至此,一个RNA分子合成完毕。
6.4RNA转录后加工RNA刚转录出来并没有生物活性,这种RNA叫做前体RNA。前体RNA需要加工才能变为成熟的RNA,成熟的有生物活性的RNA分为三类:一类是我们已经熟悉的mRNA;一类是“译码器”RNA,翻译蛋白质的译码器就合成蛋白质的场所核糖体,因此这类RNA又被称作核糖体RNA,简写为rRNA;还有一类是译码时查找字典用的RNA,叫做转移RNA,简写为tRNA。原核生物和真核生物的RNA加工方式不同,而它们的三类RNA的加工方式又各不相同。
原核生物的rRNA一面转录一面加工,一个前体大分子被裂解为两个小的rRNA分子,然后,它们两端一些不必要的核苷酸被酶切除。这样还不行,裸露的末端很容易受到损伤,就像我们赤膊易受伤害一样,因此它必须带上一顶帽子或穿上衣服,也就是某些碱上被加上一个叫甲基的化学基团。
原核生物的tRNA常常是几个分子连在一起转录,或者与mRNA分子连在一起转录,成为一个大前体RNA;然后在一种叫RNA内切酶的酶作用下切成单个的tRNA分子小前体,最后在叫做RNA外切酶的酶作用下逐个切除多余的核苷酸。这样还不行,还得在3′端统一加上CCAOH三个核苷酸,以表明它们是tRNA的身份。
原核生物mRNA一般不需要加工就可以直接投入使用,成为蛋白质合成的模板。当然,也有许多个mRNA分子连在一起转录的,这就只需将它们切离开来即可。
真核生物rRNA前体可以切离成三个小的rRNA分子,每大切一次后要经过一次小切,切除不必要的附加核苷酸。
真核生物tRNA也是成簇转录的,加工过程类似于原核生物,但两个tRNA分子常常有不必要的居间序列,必须首先切除才行。
真核生物mRNA的加工要比原核生物复杂得多,它的前体RNA分子极大,被称为核内不均-RNA,写成hnR-NA。hnRNA寿命很短,几分钟后至1个小时左右就会有一半被分解掉。hnRNA变成mRNA有四个步骤:第一步是在5′端加上一个帽子,这个帽子不但可以保护自己,而且有利于在翻译蛋白质前被识别作为模板,就像我们在人群中戴一顶帽子可以让我们要找的人找到自己。第二步是在另一端(3′端)加上一条尾巴,这样可为进一步加工提供信号。
第三步是在RNA内切酶作用下(识别尾巴)将hnRNA剪断,去掉中间不必要的部分,然后把剩下的RNA接上(第六章还将详细描述这一过程)。第四步就是某些核苷酸甲基化,犹如穿上衣服以防伤害。整个hnRNA只能加工成一个mRNA分子,这一点不同于原核生物。
至此,转录过程才算真正完成。在这一有着简单主题的复杂过程中,我们再次感受到了生命的严密组织性和工作的高效性,这是我们历史上任何一种社会形态所不及的。
mRNA是几种RNA中最重要的一种,从原核生物和真核生物对它的加工看来,可以看出进化的趋势。低级的原核生物mRNA几乎不需加工就能投入使用,而且一次转录许多个分子;而高级的真核生物每次只能转录一个mRNA分子,要经过复杂加工才成。联系它们的结构就可以理解这一点,原核生物结构简单,不可能复杂加工,也正因为简单,它面临环境的挑战要比真核生物强得多,它只有依靠快速和大数量才能做到保存自身,原核生物的代价是惨烈的。真核生物则可以利用自己复杂的结构精深地加工,以防环境的伤害,保证其效率和稳定。生命的进化犹如社会的发展,会越来越优秀、先进和适应变迁。