对于《山海经》一书的归类,古今的差距很大,分歧也更多。最早给它分类并划定归属的,当属汉代班固撰写的《汉书·艺文志》,他把《山海经》归为在数术略中的那种根据地域、人、物等形状判断其吉凶贵贱的“形法类”的第一本书籍。
在之后很长的一段时间里,它却又被归为经典的地理书。到了清代学者编修《四库全书》时,《山海经》已经被归为小说,而且是最古老小说。这里提到的“小说”并非今日狭义的小说,而是指中国古代广义的小说。同时,道教徒们一直把《山海经》看做神仙方士之言,并把它收入《道藏》。
进入20世纪后,学者们开始用新的眼光来考察《山海经》。茅盾认为《山海经》是“一部杂乱无章的神话总集”。而鲁迅先生在《中国小说史略》的《神话与传说》篇中则干脆把《山海经》归为古代封建迷信的书。有人则兼顾两派观点指出:《山海经》“是一部巫术性的地理书”。