奥密克戎病毒感染细胞出现了严重的障碍

英国剑桥Ravindra Gupta的工作，第一作者是华裔Bo Meng。

香港科学家发现奥密克戎对肺部低感染时，我曾预测它对其他组织的影响也值得研究。现在英国剑桥印度裔和华裔科学家对消化道的研究资料首次公布，并且揭示出奥密克戎感染性的进一步机制。

这个机制是奥密克戎在与ACE2受体结合后，不能利用细胞内的蛋白酶TMPRSS2将这些S蛋白与受体结合物切割。奥密克戎失掉TMPRSS2的切割功能后，必须转向利用其他蛋白酶以完成类似功能才能生存，但是其他蛋白酶的效果不佳。

英国科学家通过质粒将Delta的S蛋白和奥密克戎的S蛋白转染到细胞内，最终S蛋白会跑到细胞膜上，这样他们可以比较研究两种突变株的S蛋白与ACE2受体结合后导致的细胞融合。实验结果证明奥密克戎的S蛋白很难造成细胞融合，这是一个十分重要的结果，因为细胞融合对于病毒在细胞间的传递意义重大。他们进一步做了全病毒的感染实验，发现奥密克戎导致形成病毒细胞集落foci的能力明显降低，这预示着奥密克戎的细胞感染性也会大打折扣。

可以看图中我用红色标记注明的奥密克戎的表现，在某种程度上可以说奥密克戎是个缺陷病毒，武功废了不少。即使奥密克戎更具传染性，也能逃逸疫苗和抗体，但是进入细胞和组织后危害很轻，它还对抗病毒药敏感。这可以说，科学家己经找到了奥密克戎致轻症的强大的生化基础，所以可以放心了。别看那些虚无缥缈的软科学统计与流行病资料，要看这些硬核的科学。

当然这只是体外实验，很能说明问题，但是仍然需要体内实验证实。他们确实观察到奥密克戎形成foci 的数量是增加了，虽然大小明显减小，这是否可以用于解释奥密克戎的传染性增加？

中国应该大范围开放，全世界也舒了一口气。中国没有必要这么紧张和劳命伤财，乔治高应该读读这篇文章，然后向高层建言。

通过周围人估计，恐怕1/3的人己经感染，如果80%为无症状者，所以基本上都可能感染或者多少接触过病毒。从这里可以看出奥克戎存在感染入细胞的严重障碍，它又能带来免疫力，所以揭掉大流行的帽子都有可能。

根据美国CDC的资料，每十万人感染，未接种疫苗者有9.7人死亡，接种二针和加强针的死亡人数分别是：0.7种0.1。这些数据可以说明二点：第一就是美国对新冠病人的临床管理进步神速，美国现在即使对未接种疫苗人士的死亡率都只有0.01%左右，想想刚从武汉传来时美国的死亡率是2-3%，巨大的进步。这就是我当初在最黑暗的时刻说的，只要能度过灾难期，我们活下来的希望就会增加，可怜那些在武汉死难的同胞，他们面对的是全然不知的瘟疫。

第二点就是，相对于未接种疫苗者，加强针拥有近乎100倍强的保护力。反疫苗的人士是否看到了这个数据？他们这周末在华盛顿集结游行反疫苗，可以看他们的花名册，还好似乎游行的人数没有想像的那么多。他们是以反强制疫苗为名，实质上就是反疫苗，因为高院己经判了强制疫苗令违宪，你们还游什么行？

这里面的代表人物是Robert Malone，自己在Salk沒读完博士退学，只在实验本上有个胶带证明mRNA有活性，便将实验本的那一页拍照供以后用，连文章都没有发表就吹牛自己发现了mRNA疫苗。Malone去年得新冠活了过来，然后到处演讲说mRNA疫苗能导致灾难性的后果。另一位是Robert Kennedy 的儿子，这家伙参与“儿童健康基金会”反疫苗，几十年都在散布疫苗导致自闭症的谣言。有些天主教徒属于猛生孩子的保守家庭，11-13个孩子是肯尼迪家庭的常态。

现在转在傅新元教授朋友圈与他的对话：

“我提议：

学习改革开放初期，是不是中国也拿一个城市作为全面开放的试点？ 让那城市居民100% 打三次疫苗 或者引进的防护能力较强的mRNA 疫苗？就当那城市 是和美国一样 全面开放 成为对国际交往的一个窗口。看看是不是可控？由此试验 来判断 中国是不是可以逐渐对新冠病毒和全世界全面开放？

欢迎转载[微笑] 特别转给张文宏医生 和有关决策人 [合十]

傅新元
2022.1.24”

我的跟帖：“因为中国疫苗效价很低，以政治或其他原因又封锁复必泰mRNA疫苗，我开始相当担心中国开放国门后怎么办？现在摸清奥密克戎的弱致病性特征后，我对国内开门的危险性不是那么害怕了。希望中国能够面对死亡率低于1%的奥密克戎，开放是迟早的事，不可能全国饿肚子。[握手][握手]”

不过我们再有信心，也要面对我的斯坦福本科和华大MD的老爸朋友的挑战：

“我这学物理出生的所谓“计算机专家”对你们这帮“学免疫”，“研究传染病”的专家们的“预言”都不敢相信了[Facepalm]。计算机的最基本原理是“1”或者“0”。可是，二年来，所有对新冠将“over”的预言，不但不准，而且还有时愈来愈厉害[Grin]”

问题是生物学、免疫学甚至整个医学都不是定量科学，从来就不是全或无，或者计算机世界的“1”或“0”。

 

[红米2019]

新冠病毒感染人体细胞有不同途径，过去说的比较多的是借助TMPRSS2融合细胞膜这个途径，但也还有其它的，比如借助另一种蛋白酶Cathepsin，所以还要看其它这些东西的表达情况。我查了一些文献，但没找到完整清晰的结论。当然Omicron在上下呼吸道的差异也完全可能有其它的解释。

[遍野无尘]

回复: 红米2019 发表评论于 2022-01-25 08:10:26https://www.nature.com/articles/d41586-022-00007-8
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虽然有不同，但是和结论相反。如果这个不同是原因，应该看到在上呼吸道感染少（于在肺部）才对。

[红米2019]

需要稍微调整一下：“是每十万未接种疫苗人口 （不论是否感染），有9.7人死亡”

[sourbaby]

同意楼下股市老鼠的评论““每十万人感染，未接种疫苗者有9.7人死亡”.. 这句的解读是错误的。。 是每十万人口 （不论是否感染），未接种疫苗者有9.7人死亡”。我仔细读了CDC网页和图表，
是每10万人口中有9.7个死亡（0.0097%）。这个是人口死亡率，不是感染死亡率。
目前英国给出的奥秘可容的死亡率是大约0.2%，比第一波的2%低了10倍。

[那夜的雨]

根据公布的数据，按周平均计算，目前美国的感染死亡率是0.3%左右。但是实际的死亡率会笔这个低，我认识的一些人，自己在家隔离几天就好了，根本没有进入医疗统计体系。这种情况现在可能不少。

[那夜的雨]

按周平均计算，目前美国的感染死亡率是0.3%左右

[晓龙东云]

同意股市老鼠和红米2019的解读，“每十万人感染，未接种疫苗者有9.7人死亡”，这不需要专家，只要会加减乘除就知道这不可能。

“回复 '红米2019' 的评论 : 我是看的专业教授的文字解读，应该不会错。”恕我直言，这个回复充满了傲慢。

[红米2019]

遍野无尘 发表评论于 2022-01-24 21:14:24
同意。 任何一种解释应该能说明为什么这个变种在上下呼吸道的表现不同。因此必然要找出在上下呼吸道 的免疫系统，剪切酶的表达等，有什么不同。

Found the following in a Nature article:
"These experiments also identified a plausible player in the difference: a protein called TMPRSS2, which protrudes from the surfaces of many cells in the lungs and other organs, but is notably absent from the surfaces of most nose and throat cells."
https://www.nature.com/articles/d41586-022-00007-8

[红米2019]

outcome和month之间还少了一个分隔符/。

[红米2019]

sorry,计算结果还需要乘以10万。

[红米2019]

就在那个网页下方就有下载数据的链接，也可以在线查看数据。与12月4日未接种死亡率有关的数据是这些：
outcome month/MMWR week/Age group/Vaccine product/Unvaccinated with outcome/Unvaccinated population/Crude unvax IR/Age adjusted unvax IR
death/12-Dec/202148/all_ages_adj/all_types/2597/44732580.45/5.805611869/9.197037038

不难验算，2597(Unvaccinated with outcome)/44732580.45(Unvaccinated population)=5.805611869(Crude unvax IR，IR应该是Incidence Rate)，只是年龄校正还需要各年龄段人数。

[zuschauer]

德国冠状病毒专家 Drosten 22日接受采访时说，他担心 Omicron不会总保持温和状态而有可能和 Delta 重组。
https://www.rnd.de/gesundheit/omikron-und-delta-christian-drosten-befuerchtet-rekombination-7IGPSWSYC5AHRC6Z454JNJEUIA.html

Drosten: ?Es ist alles andere als sicher, dass Omikron im abgemilderten Zustand bleiben wird“

Die Omikron-Variante verursacht bisherigen Erkenntnissen zufolge weniger schwere Krankheitsverl?ufe im Vergleich zu früheren Corona-Mutanten. Doch das sei laut dem Charité-Virologen keine Garantie dafür, dass das Coronavirus auch künftig harmloser wird. ?Es ist alles andere als sicher, dass das Omikron-Virus so, wie es jetzt ist, in diesem etwas abgemilderten Zustand bleiben wird“, sagte er. Auch bei anderen Viren wie Influenza wiesen Varianten eine unterschiedliche Virulenz auf.

[雅美之途]

回复 '红米2019' 的评论 : 我是看的专业教授的文字解读，应该不会错。

[红米2019]

从CDC网站下载了原始数据算了一下，以没打疫苗各年龄组的死亡率为例，是（该年龄段没打疫苗死亡人数）/（该年龄段没打疫苗总人数）*10万。由此计算所有年龄组总死亡率，分子分母分别都需要相加（我下面的算法是不对的，不能只加分子），并且要对年龄做调整。

[遍野无尘]

红米2019 发表评论于 2022-01-24 16:39:34
这样看，Omicron进入细胞要比Delta困难，那为何反而更容易传染呢？NY Times文章的解释是，其S蛋白上的一些变异，导致一方面人体的免疫系统难以辨认病毒，另一方面病毒与ACE的结合更紧密,这可能补偿了因相对较难进入细胞而损失的传播效率。

但是还没有太明白为何Omicron不太容易进入下呼吸道。Omicron不能利用TMPRSS2，那么进入细胞需要Cathepsin L，不知道这种蛋白酶是不是在上下呼吸道的表达有不同

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同意。 任何一种解释应该能说明为什么这个变种在上下呼吸道的表现不同。因此必然要找出在上下呼吸道 的免疫系统，剪切酶的表达等，有什么不同。
单单解释一种现象比较容易，只有解释全部现象的解释才算是理论解释。

[红米2019]

股市老鼠 发表评论于 2022-01-24 20:29:40
“每十万人感染，未接种疫苗者有9.7人死亡”.. 这句的解读是错误的。。 是每十万人口 （不论是否感染），未接种疫苗者有9.7人死亡，

对于Overall，你是对的。但各年龄组的图里，y轴只写了一个Rate，不清楚是怎么算的。

[股市老鼠]

“每十万人感染，未接种疫苗者有9.7人死亡”.. 这句的解读是错误的。。 是每十万人口 （不论是否感染），未接种疫苗者有9.7人死亡，

[红米2019]

又看了一下CDC这个网页：
https://covid.cdc.gov/covid-data-tracker/#rates-by-vaccine-status

还是觉得它的Overall图表不对，似乎Y轴小了10倍。如果按Age group图表，把所有Age group的数量加起来，12月4日没打疫苗的死亡率大约是109人/10万阳性，也就是大约0.1%。另外需要注意的是，这个日期是死亡病人最初检测阳性的日子，而不是死亡发生的日期。换言之，死亡可能实际发生在12月底甚至1月份。虽然数据最后更新是1月21日，死亡人数的统计也许还有滞后。最后，这些数据来自部分地区，大概覆盖美国一半人口，且只限于有疫苗接种情况，检测阳性，和死亡完整记录的病人。

[shaanxiwang]

如果这个研究结果是正确的，那么科兴和国药就不可能用现有的细胞株生产出omicron 变种的疫苗。因为它的病毒产量会大大降低。看来迟早还是要用进口的产品来达到未来走出疫情的状况。

[晓龙东云]

回复 '雅美之途' 的评论 : 谢谢！

[cowwoman]

喜欢两段文字。
'别看那些虚无缥缈的软科学统计与流行病资料，要看这些硬核的科学。'

'问题是生物学、免疫学甚至整个医学都不是定量科学，从来就不是全或无，或者计算机世界的“1”或“0”。'

感谢及时分享各类观点和论文。
我总觉得每天死亡人数还挺吓人。我们这里治疗新冠的药已经到货一万剂。

[红米2019]

回复 '雅美之途' 的评论 :

那个Overall的图是不是有问题。如果点Age Group，仅65+死亡就达到44人/10万人了。

[红米2019]

这样看，Omicron进入细胞要比Delta困难，那为何反而更容易传染呢？NY Times文章的解释是，其S蛋白上的一些变异，导致一方面人体的免疫系统难以辨认病毒，另一方面病毒与ACE的结合更紧密,这可能补偿了因相对较难进入细胞而损失的传播效率。

但是还没有太明白为何Omicron不太容易进入下呼吸道。Omicron不能利用TMPRSS2，那么进入细胞需要Cathepsin L，不知道这种蛋白酶是不是在上下呼吸道的表达有不同。

[雅美之途]

回复 '晓龙东云' 的评论 : https://covid.cdc.gov/covid-data-tracker/#rates-by-vaccine-status

[晓龙东云]

昨天的数据是199744病例，死亡571, 相当于10万人死280多，9.7人是怎么算出来的？我知道你引用CDC的数据，能不能给个link。没有其他意思，就是想明白每天看到的各种数据到底哪个更靠谱。

[雅美之途]

回复 '晓龙东云' 的评论 : 10万人9.7人死亡。

[红米2019]

刚看到NY Times一篇文章，也提到类似研究。按他的说法，之前的covid病毒是停留在细胞外面，通过TMPRSS2融合细胞膜，只把自己的RNA注入到细胞中。而Omicron则是整个被装在一个空泡中运进细胞。查了一下，前者是几乎所有冠状病毒共通的，而后面这种方法，似乎过去只有SARS和MERS可以利用。

文章在这里，其主题是讨论S蛋白中13个罕见变异是如何产生的：
https://www.yahoo.com/news/omicrons-radical-evolution-191819386.html

[晓龙东云]

"美国现在即使对未接种疫苗人士的死亡率都只有0.01%左右", 请教这个死亡率是怎么算的？昨天的数据是199744病例，死亡571，死亡占病例的0.3%。如果取7天的平均值也是0.3%。